Przeniesiono je tam po uroczystej procesji, która przeszła ulicami Warszawy z Placu Piłsudskiego. Na poszczególnych odcinkach relikwie nieśli przedstawiciele różnych środowisk. Na trasie do procesji dołączyli prezydenci i burmistrzowie miast papieskich z całej Polski.

Relikwie Jana Pawła II zostały złożone pod obrazem z wizerunkiem papieża Polaka, po lewej stronie od obrazu Jezusa Miłosiernego. Tuz obok spoczywają relikwie błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki, złożone w zeszłym roku.

Metropolita warszawski kardynał Kazimierz Nycz powiedział, że relikwie są szczególnie związane z najtrudniejszymi chwilami w życiu papieża Polaka; jest to okrwawiony fragment sutanny, którą Jan Paweł II miał na sobie podczas zamachu 13 maja 1981 roku.

Podczas uroczystości przekazano także pamiątkę po Prymasie Tysiąclecia - jego płaszcz.

W muzeum Jana Pawła II i prymasa Wyszyńskiego można oglądać także czerwony płaszcz papieski, znany ze zdjęć, przedstawiających, jak papież przykrywał nim małe dzieci.