Wychowanek Salosu Szczecin do Pogoni trafił w 2012 roku i przeszedł wszystkie etapy szkolenia w klubowej akademii. W zespole Dumy Pomorza w ekstraklasie Sebastian Kowalczyk rozegrał 169 spotkań w których strzelił 19 goli.

Po raz ostatni w rozgrywkach o mistrzostwo Polski wystąpił przed tygodniem w Grodzisku Wielkopolskim w meczu z Wartą Poznań w którym na boisku pojawił się w drugiej połowie. Sebastian Kowalczyk zagrał jeszcze w czwartkowym pojedynku w Belfaście z Linfield FC w Lidze Konferencji Europy wygranym przez zespół trenera Jensa Gustafssona 5:2.

Sebastian Kowalczyk miał ważny kontrakt z Pogonią do końca czerwca 2025 roku i zgodę szczecińskiego klubu na transfer zagraniczny. Pogoń otrzymała ofertę od amerykańskiego klubu i zgodziła się na zmianę barw swojego piłkarza.