Centralnym punktem uroczystości będzie msza św. pod przewodnictwem kardynała Stanisława Dziwisza. Kropla krwi bł. Jana Pawła II jest w szkatułce i zostanie umieszczona w podstawie ołtarza znajdującego się Kaplicy Relikwii.

W świątyni będzie również mitra oraz pastorał Jana Pawła II. Natomiast w Kaplicy Kapłańskiej, wzorowanej na krypcie św. Leonarda katedry na Wawelu, została zamontowana płyta z grobu Jana Pawła II.

Centrum Jana Pawła II "Nie lękajcie się" ma służyć utrwalaniu pamięci o papieżu i promocji jego dziedzictwa. Zostało powołane 2 stycznia 2006 roku. W ramach Centrum powstaje Instytut Jana Pawła II, multimedialne muzeum, Centrum Szkolenia Wolontariatu oraz sale konferencyjne. Koszt całej inwestycji szacuje się na 200 milionów złotych.