Papież przebywał w Polsce od 2 do 10 czerwca 1979 roku. Odwiedził m.in. Warszawę, Gniezno, Częstochowę, Kalwarię Zebrzydowską, Wadowice i Kraków. Uczestniczył w uroczystościach 900. rocznicy śmierci Świętego Stanisława ze Szczepanowa.

W Belwederze rozmawiał z I sekretarzem KC PZPR Edwardem Gierkiem. Odprawił Mszę świętą na terenie byłego niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau. Był też w Nowym Targu. W spotkaniu z papieżem i mszy na krakowskich Błoniach wzięło udział ponad 2 miliony ludzi, było to jedno z największych zgromadzeń religijnych w historii.

Hasło pielgrzymki brzmiało: "Gaude Mater Polonia", jednak od początku wizycie towarzyszyły historyczne już, słowa papieża wypowiedziane na placu Zwycięstwa w Warszawie: "Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi". Zostały one odebrane jako wezwanie do przemian ustrojowych i wolnościowych w naszym kraju.

Komunistyczne władze zaangażowały do obsługi papieskiej pielgrzymki rzesze tajnych współpracowników, w samym Krakowie aż 480. Agenci Służby Bezpieczeństwa przenikali do kościelnych służb porządkowych i - aby ograniczyć liczbę uczestników spotkań z papieżem - niszczyli karty wstępu na Msze święte.

Telewizja Polska nadawała jedynie fragmenty spotkań, ograniczając się do bliskich planów, a wśród zgromadzonych najczęściej pokazywano osoby starsze lub zakonnice.

Ponad tygodniowy pobyt Jana Pawła II w Polsce w 1979 roku miał ścisły związek z późniejszymi demokratycznymi zmianami w Polsce i Europie Środkowo-Wschodniej. Niedługo, bo rok po tej pielgrzymce powstała Solidarność.

W 1979 roku w sanktuarium Matki Bożej Częstochowskiej na Jasnej Górze Ojciec Święty apelował, aby wszyscy Polacy mogli cieszyć się wolnością i poszanowaniem praw narodu.

Podczas wizyty w Auschwitz-Birkenau Jan Paweł II podkreślił, że nie mógł nie przybyć do tego miejsca jako papież. Zaznaczył, że odwiedza były obóz, również jako "syn narodu".

Na Skałce w Krakowie Jan Paweł II spotkał się z młodzieżą akademicką, a także ze światem nauki, kultury i sztuki. Młodzi ludzie przywitali Ojca Świętego układając olbrzymi dywan z kwiatów. Tysiące młodych słuchało Ojca Świętego, który prowadził z nimi swoisty dialog. Papież powiedział wówczas: "Wy macie przenieść ku przyszłości to całe olbrzymie doświadczenie dziejów, któremu na imię "Polska". Tego trudu się nie lękajcie".

Ostatniego dnia wizyty podczas mszy na krakowskich Błoniach papież prosił rodaków, by pamiętali o swoim dziedzictwie, nie odcinali się od chrześcijańskich korzeni, nie odrzucali Chrystusa. Świadkami tego wystąpienia, określonego później jako "bierzmowanie dziejów" było ponad milion osób.

Odjeżdżając Jan Paweł II pozostawił rodakom specjalne przesłanie, wygłoszone w homilii na Placu Zwycięstwa: "Człowiek nie może siebie sam do końca zrozumieć bez Chrystusa. Nie może zrozumieć, ani kim jest, ani jaka jest jego właściwa godność (...) powołanie i ostateczne przeznaczenie".

Kolejna pielgrzymka Ojca Świętego do ojczyzny, w 1983 roku przebiegała w warunkach zawieszonego przez komunistyczne władze, stanu wojennego.