Organy, które za czasów drugiej wojny światowej znajdowały się w kościele, wykonane zostały w latach 1697-1700. Pracami kierował mistrz Mathias Schurich z Drezna. Niemal gotowe dzieło zakończył Arp Schitger z Hamburga, jeden z najsłynniejszych w Europie budowniczych organów barokowych. Pierwszy uroczysty koncert na 85-głosowym instrumencie odbył się 11 stycznia 1700 roku. Warto dodać, że na przełomie XVIII i XIX wieku na tych organach grał m.in. Carl Löwe, kompozytor, kantor i mistrz pieśni romantycznej.
Przedwojenny instrument, w celu ochrony przed skutkami alianckich bombardowań Szczecina, został w lipcu 1944 roku zdemontowany i wywieziony przez Niemców do miejscowości Niemieńsko. Co się z nim stało później, nie wiadomo.
Inicjatywa wybudowania nowych, koncertowych organów dla szczecińskiej katedry pojawiła się w 2004 roku. Postanowiono wówczas, nie wzorować się na istniejącym do 1945 roku instrumencie, lecz stworzyć całkowicie nowe dzieło. W marcu 2008 roku rozpoczęto montaż organów w katedrze, które skonstruował Dariusz Zych z Wołomina. Poświęcenie instrumentu i nadanie mu imienia Jana Pawła II nastąpiło 15 czerwca 2008 roku. Ta uroczystość zainaugurowała Międzynarodowy Festiwal Organowy w Szczecinie.
Podczas koncertu inaugurującego 13. Festiwal Organowy (4.07.2020) zabrzmiały kompozycje Jehana Alaina, Ferenca Liszta i Marian Sawy. W programie wieczoru znalazły się również utwory m.in. Johanna Sebastiana Bacha, Wolfganga Amadeusza Mozarta, Cesara Franka i Friedricha Haendla w wykonaniu Kwartetu Smyczkowego Solistów „Arte Con Brio” oraz sopranistki Zofii Skowron.
Na koncercie zorganizowanym w pełnym reżimie sanitarnym przez Stowarzyszenie Rewaloryzacji Zabytków Sakralnych i Ochrony Dziedzictwa Kulturowego w Szczecinie „Katedra”, wśród publiczności gorąco oklaskującej artystów była Dorota Zamolska.