William Joseph Blazkowicz, będący bohaterem gry, nie ma prostego zadania. Amerykański żołnierz polskiego pochodzenia został pojmany przez hitlerowców podczas wykonywania tajnej misji. Zadaniem gracza jest ucieczka z twierdzy, przy okazji wybijając tabuny nazistów i psów strażniczych.
Wolfenstein 3D zyskał pozycję gry kultowej, a na jej silniku powstało też wiele innych produkcji. Tytuł ten jest na tyle popularny, że grupa fanów nadal tworzy do niego dodatki, w tym mapy, dźwięki czy grafikę.
Pierwotna wersja działała pod systemem operacyjnym MS-DOS. Dzięki sukcesowi Wolfenstein 3D zadebiutował także na wielu innych popularnych w tamtych czasach platformach, od Macintosha, przez konsole 3DO, Atari Jaguar, GameBoy Advance czy PlayStation 3 i Xbox 360, na mobilnym iPhone kończąc.