Akcja trzeciej części serii toczy się w XXI-wiecznym Los Angeles, które przeżyło najazd obcych. W sumie scenariusz ma małe znaczenie, bo gracze zachwycili się przede wszystkim mocno zniszczalnym środowiskiem, dużym wyborem broni i świetnym multiplayerem.
Gra wywołała spore kontrowersje z powodu elementów erotycznych, przemocy i niecenzuralnego języka. W odpowiedzi na krytykę i możliwość zablokowania dystrybucji, w niektórych krajach Duke Nukem 3D został wydany w ocenzurowanej wersji.
Mimo problemów gra zyskała olbrzymią popularność i sprzedała się w liczbie 3,5 miliona egzemplarzy. W 1997 roku ruszyły prace nad kontynuacją, jednak ciągle wprowadzane zmiany spowodowały, że Duke Nukem Forever powstawał aż 14 lat. Niestety gra okazała się fatalna i została zmiażdżona przez krytyków i graczy.