Był autorem wielu artykułów dotyczących filozofii i historii religii oraz kilkunastu książek, m. in. „Emaus oraz inne spojrzenie do wnętrza pisma", „Śmierć i tekst. Sytuacja ostateczna w perspektywie słowa", „We władzy wisielca". Pisał też posłowia i erudycyjne wstępy do dzieł innych autorów. Ostatnio, z jego obszernym komentarzem, ukazała się książka polskiej noblistki Olgi Tokarczuk - „ahat ilī. Siostra bogów”.
Wcześniej posłowia Zbigniewa Mikołejki mogliśmy przeczytać w tomikach wierszy szczecińskiego poety Konrada Wojtyły. To zarówno wcześniejszy tom "Pod czerwień. 111 wierszy" jak i ostatni czyli „Scherzofrenia” .
Z Konradem Wojtyłą o profesorze Zbigniewie Mikołejce rozmawiała Joanna Skonieczna.